ทีมอควาได้ควบคุมเคียวเกรแล้วและเตรียมที่จะปลดปล่อยพลังเหนือระดับน้ำของโลก พิคาชูที่ถูกครอบครองโดยบลูออร์บปลดปล่อยกราวดอนจากการกักขัง และทั้งสองก็เตรียมเข้าปะทะเคียวเกรในการต่อสู้เพื่อยุติการต่อสู้ทั้งหมด Groudon และ Kyogre จะทำลายโลกด้วยการต่อสู้ในตำนานของพวกเขา หรือ Lance, Ash และเพื่อนๆ ของเขาจะสามารถหยุดยั้งการทำลายล้างโลกที่ใกล้จะเกิดขึ้นได้หรือไม่?+เนื่องจากโชคชะตาที่พลิกผัน เหล่าฮีโร่จึงถูก Team Magma จับตัวไปและเผชิญหน้ากับผู้นำของพวกเขา Maxie หลังจากที่ Maxie อธิบายเป้าหมายของเขา Shelly จาก Team Aqua ก็ปล่อย Kyogre และรายงานให้หัวหน้าของเธอทราบ ในช่วงเวลาแห่งความสับสน พิคาชูหยิบบลูออร์บซึ่งจะถูกดูดซึมเข้าสู่ตัวเขา ขณะที่เหล่าฮีโร่พยายามหลบหนี แอชก็ถูกจับตัวไป ในขณะที่ผู้นำของทีมอควาเริ่มควบคุมเคียวเกร อย่างไรก็ตาม ความช่วยเหลือที่ไม่คาดคิดก็มาถึง ชายคนหนึ่งที่แอชและบร็อคเคยพบมาก่อน