เคนตะ ปรมาจารย์ด้านการสร้างโปเกมอนได้พบกับมาริน่า เพื่อนสมัยเด็กของเขาที่โปเกมอนเซ็นเตอร์ เพื่อดูว่าทักษะของพวกเขาพัฒนาขึ้นอย่างไร การต่อสู้ของพวกเขาถูกขัดจังหวะด้วยพายุฝนฟ้าคะนองและการมาถึงของ Bashou และ Buson สมาชิก Rocket-dan สองคนที่ใช้ระบบคริสตัล (ซึ่งดึงดูดโปเกมอนประเภทไฟฟ้า) เป้าหมายสูงสุดของพวกเขาคือนำโปเกมอนกลับมาหาซาคากิภายใต้การแนะนำของศาสตราจารย์ชิรานุอิ เคนตะและมาริน่าสะดุดล้มแผนนี้ และพยายามหยุดยั้งแผนนี้ แต่สิ่งต่างๆ จะยากขึ้นเมื่อโปเกมอนในตำนานไรโคถูกจับตัวไป