เมื่อมาถึงเกาะเมอร์คอตต์ แอชและเพื่อนๆ ค้นพบเคียวที่ได้รับบาดเจ็บ หลังจากจับมันได้ Tracey จะต้องพามันไปที่ Pokémon Center ขณะอยู่ที่นั่น เขาค้นพบว่าไซเธอร์ถูกปลดออกจากบัลลังก์จากการรับผิดชอบกลุ่มของเขา+ตัดสินใจพักบนเกาะใกล้เคียง แอช เพื่อนของเขา และโปเกมอนทั้งหมดของพวกเขาเพียงใช้เวลาพักผ่อนและทำความคุ้นเคยให้ดีขึ้น อย่างไรก็ตาม Team Rocket มีแผนอื่นสำหรับโปเกมอนและตั้งใจที่จะขโมยพวกมัน